Esta iglesia lleva el nombre de colegiata porque estaba destinada a la evangelización de los musulmanes de Granada, después de la conquista del año 1492. Primero se instaló en lo que había sido la Gran Mezquita del Albaicín, y cuando se demolió el viejo edificio, se conservó el patio con su pozo dónde los fieles se lavaban los pies antes de rezar, transformándolo en el claustro de la nueva iglesia. Hoy, este patio es uno de los monumentos musulmanes más antiguos de la ciudad, siendo de la época almohade, anterior a la de los nazaríes.
